種子的三種主要養份通常都以顆粒的形狀保存在儲藏性器官或胚部中，分別為澱粉粒、蛋白粒及油粒等，不過某些種子的蛋白質則分散在細胞內。在篦麻胚乳，可見到一些蛋白粒塞在密集的油粒中，胚部也有若干。萵苣主要的儲藏器官雖然是在充滿了蛋白粒與油粒的子葉蛋白粒，但是再下胚軸與胚根中也會出現，即使在尚為完全退化的胚乳中，也含有蛋白粒。禾穀種子的胚乳以澱粉及蛋白質為主，如在黑麥胚乳中不見油粒，但見許多大小不等的澱粉粒塞在分散的蛋白質當中。不過胚乳最外面的糊粉層則以蛋白粒及油粒為主，而主要的油粒則出現在胚部的子葉盤上。即使在同一個器官，養份的分布也可能不是均勻的，例如禾穀種子如水稻的胚乳，在較中心的部位以澱粉為主，蛋白質略少；然而胚乳外層則蛋白質較多，越接近糊粉層，蛋白質含量越高，相對的澱粉含量則遞減。

(一) 蛋白質：

Osborne(1924) 依照種子蛋白蛋的溶解將之分成四大類：

  1. 水溶性蛋白質(albumin)，可溶於水或稀的中性緩衝液，遇熱凝結。這類蛋白質通常為酵素。

  2. 鹽溶性球蛋白質(globulin)，不溶於水，但可溶於鹽溶液(例如0.4M之NaCl)，遇熱較不易凝固。

  3. 鹼溶性穀蛋白質(glutelin)，不溶於水，但可溶於稀的鹼或酸溶液。　　

  4. 醇溶性醇溶蛋白質(prolamin)，可以溶於70–90%的乙醇，但不溶於純水。

       這四種蛋白質出現在種子內之比例因植物之不同而有很大的差異。例如鹼溶性及醇溶性蛋白質通常存在禾榖類種子，在雙子葉種子中較少出現。以必需氨基酸之離氨酸(lysine)含量而言(人類和其他動物不能自行合成，必需仰賴食物 )，水溶性蛋白質,球蛋白質>穀蛋白質>醇溶蛋白質。

       鹼溶性蛋白質在不同禾榖種子有不同的名稱：例如小麥為 glutenin ；水稻80%為穀蛋白，特稱 oryzenin(品質較其他禾穀類好)；大麥為 hordenin ；玉米為 zeanin 。

       醇溶性蛋白質僅存在禾穀與禾草種子當中：在玉米則稱為 50% zein；大麥為40%  hordein；小麥為 gliadin(麥膠蛋白,45%)，因此禾穀類蛋白質較差。

       鹽溶性球蛋白質以存在雙子葉植物之種子為主，豆科尤富之：在花生者為 arachin；在豇豆者為 vignin；在大豆者為 glycinin 。燕麥的主要貯藏性蛋白質80%也是鹽溶性球蛋白質(品質最好)。

       大豆的水溶性蛋白質稱為 legumlin ，水稻的水溶性蛋白質稱為 ricin，小麥者為triticine 。

豆類與油料作物：水溶性蛋白質，球蛋白質>>穀蛋白質，醇溶蛋白質(品質較禾穀類好)

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(二) 蛋白顆粒：

        Hartig 在1855年由油籽分離出含有蛋白質的顆粒，現代的術語則稱之為蛋白顆粒(protein body)。在糊粉層中的顆粒特稱為 aleurone grain (糊粉粒)。蛋白顆粒是種子貯藏性蛋白質的主要所在(子葉,胚乳)，除了貯藏性蛋白質之外，可能亦含有無機﹑RNA﹑lipid 等。

(三) 澱粉：

   澱粉為葡萄糖的聚合物，依構造之不同分為兩種：

1. 粉質澱粉 (amylose)乃由50–2000個(一般300~400)葡萄醣依次接合而成一條沒有分叉的巨大分子鏈；溶於70~80℃熱水, 遇碘….藍色反應。

2. 蠟質澱粉 (膠質澱粉,amylopectin)具有許多分叉，支鏈。一般而言，蠟質澱粉的分子量約有粉質澱粉的100–1000倍。不溶於70~80℃熱水, 遇碘….紅-紫色反應,

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    種子內粉質澱粉與蠟質澱粉間的比例依品種而有很大的差異。甜玉米的澱粉含量不高，而且其澱粉與一般的粉質蠟質澱粉不同，其分叉更多，可溶於水，化學性質略近動物的肝醣，因此稱為植物肝醣(phytoglycogen)。

(四) 種子油：

        種子的貯藏性脂質，以油為最主要， 亦呈顆粒狀，稱為油粒體(fat body, elaioplast 或 spherosome) 。油脂大多是由三甘油化物(triglycerides)組成，即是甘油與三個脂肪酸經脂化而成。

• 油菜含有高可達55%的芥酸 (erucic acid ) , 有害人體。

• 篦麻種子含有的篦麻子油酸(ricinoleic acid)高達88%。

• 玉米大豆棉籽向日葵及芝麻等油脂中約40~50%為亞油酸(linoleic acid)

• 花生橄欖油油脂中約60%為油酸(oleic acid)

• 亞油酸及亞麻酸為動物所不能合成, 為必需脂肪酸

• 室溫固態…….脂(fat)….大多由飽和脂肪酸如棕櫚酸組成

• 室溫液態…….油(oil)…..由不飽和脂肪酸如油酸亞油酸和亞麻酸組成

        飽和脂肪酸的熔點較高，雙鍵的數目越多，熔點越高，化學反應能力越大。碳氫鍵越長，熔點越高；碳原子少，則熔點較低。因此以不飽合脂肪酸為主的種子油，在常溫(25℃)之下呈液體狀，而可可椰子油及油棕油在常溫是固態的脂肪。

        有些油暴露在空氣中，很容易氧化，產生聚合作用形成具彈性的軟膜保護層。這種油稱為軟性油（乾性油），例如桐油、亞麻油，可以加工為油漆之原料。半軟性油（半乾性油）則氧化作用的進行較慢，但長久之後，便可形成軟膜，如棉籽油、胡麻油、大豆油。至於係蓖麻油、花生油、橄欖油、菜油等在室溫下不會形成蒲膜，因為歸類於非軟性油（非乾性油），半軟性油和非軟性油皆可以做為肥皂的加工原料。

(五) 其他成分，礦物質：

        種子蓄積各種無機礦物質，如 Ca、K、等。在土壤中若含有重金屬如銅、鎘(Cd)，種子亦會累積這些元素。無機元素在種子內含量，因作物種類、生育環境而有變異，所以雖然同一基因型作物，年度不同，所採收種子的礦物質含量亦會不同。除了年份之外，灌溉條件、肥料用量、土壤環境等也會造成成分上的差異。除了Ca、K、Mg、P等主要的元素之外，Zn、Fe、Ba、Cu、Mo、Cr、Se、Na等也可能出現在種子之內，但重金屬元素如 Fe、Zn、Cu、Cd等雖然會蓄積在種子，但其分布卻可能不在蛋白顆粒之內。礦物質在種子內的分布通常不均勻。不同細胞的蛋白顆粒，所含有的礦物質亦十分不相同，例如胡瓜子葉在維管束原細胞(provascular cells)通常含有Ca，而大多數的葉肉細胞(mesophyll cells)則沒有。篦麻種子子葉絕少含有Ca者，但下胚軸以及胚根維管束原細胞則含有Ca。番茄種子胚含有Ca，而且含有Ca的細胞，隨機地分布在各組織。種子各種礦物質元素的含量，也受到植物生長環境的影響。

(六) 二次代謝物：

        除了澱粉、蛋白質、脂質及其組成小單元之外，種子尚含有各種主要代謝路徑中所沒出現的化合物，如生物鹼、配醣體、酚、單寧、固醇等，種類相當繁多。這些物質通常對某些生物體具有生理上的作用，在劑量到達某程度以上，更可能導致生物體中毒或甚至死亡，因些經常被冠以有毒物質。所謂有毒物質通常是指對人體或者牲畜而言，其實是很不精確的名詞，因為同樣的二次代謝物，對某一生物具有毒性，可能對另一生物不但沒有毒性，而且可能是一種營養分，即使同樣是可能致毒的物質，對某一生物，可能其致毒量很低，而對其他生物則要吸收達到相當高的地步，才可能致毒。對同一個生物體，高劑量時可能致毒，但劑量較低時，或與其他物質同服用時，反而具有醫療的效果。許多漢藥，皆以種子為材料，即是因為這些種子含有具有生活性－因此具有藥效－的物質。

    1. 生物鹼：生物鹼(alkaloids)是許多含氮化合物的通稱。有名的生物鹼如嗎啡、尼古丁、奎寧(guinine)、咖啡因(caffeine)等。生物鹼一般源自植物的各種器官，但通常以種子的濃度最高。豆科種子也含有豐富的生物鹼，羽扇豆(Lupinus spp)屬，通常含有 lupanine，羊食羽扇豆常常中毒，黃野百合(Crotalaria spp.)則含有如monocrotaline ，家禽食之中毒，對人體則會產生肝毒。咖啡種子含有咖啡因，對中樞神經、呼吸、心臟有刺激作用。此外，蓖麻、檳榔、大麻、蓮子、馬兜鈴等亦含有各種生物鹼。

    2. 其 他：一些豆科植物如苜蓿，菜豆，大豆，豌豆等，皆含有皂素(saponin)，略帶苦味，在水液中形成泡沫，對冷血動物特具毒性。對真菌等細胞物亦具有抑制作用。另一種豆科植物銀合歡是分布於熱帶的植物，牛羊食之則毛髮脫落，肝臟受損，這是因為種子含有一種非蛋白質的氨基酸 mimosine 所致。某些高粱品種含有單寧，因此其果皮呈棕褐色。單寧含量高，其製酒、飼用的品質比較不好，但在田間種植，則比較不易遭受鳥害，雨季收成時，種子也比較不易因微生物之生長而導致發芽能力降低。